Nació en Hamburgo, Alemania, en 1971 y empezó a tocar el piano a los cuatro años. Fue alumno de Gernot Kahl, Karl-Heinz Kämmerling, Philippe Entremont, Andràs Schiff, Christoph Eschenbach y Alexis Weissenberg. Premiado en numerosas competiciones, debutó en concierto a la edad de trece años en el Hamburg Musikhalle, con el Piano Concerto  en Re Mayor de Haydn. Poco tiempo después, debutaba en Venecia a nivel internacional, en la serie de conciertos para la RAI “European Concert”, y a partir de entonces sus giras le llevaron a recorrer Europa entera, Estados Unidos, Sudamérica y Asia.

Ha tocado para los principales auditorios del mundo: en la Leipzig Gewandhaus, las Philharmonie de Berlín, Colonia y Munich, en el Amsterdam Concertgebouw, en la Musikvereinssaal y la Konzerthaus de Viena, el Barbican Center de Londres, l’Opéra Comique de París, el KKL de Lucerna, el Philharmonic Hall de Varsovia,  el Lincoln Center y el Metropolitan Museum of Arts de Nueva York, en el Herbst Theatre de San Francisco, el Teatro Municipal de Sao Paulo y de Rio de Janeiro, el Oriental Concert Hall de Shanghai, el Cultural Centre de Hong Kong, L´Auditori de Barcelona, Toppan Hall Tokyo, y en el Forbidden Concert Hall de Pekín.

Ha trabajado bajo la batuta de directores como Gerd Albrecht, Vladimir Fedosseyew, Neeme Järvi, Sir Roger Norrington, Philippe Entremont, Eiji Oue, Ingo Metzmacher, Fabio Luisi, Pablo González , Thomas Hengelbröck y John Axelrod. Junto a Entremont, presentan un repertorio de conciertos para dos pianos, y en Tel Aviv ejecutaron el Doble Concerto de Mozart y de Mendelssohn con la Israel Chamber Orchestra.

Otras de las grandes orquestas con las que ha tocado son: la NDR Symphony Orchestra y la NDR Radiophilharmonie Orchestra; la Hamburger Symphoniker y la Hamburger Philharmoniker; la SWF-Sinfonieorchester Baden-Baden; el conjunto Concerto Köln; las orquestas de cámara de Viena, de Basilea y de Colonia; la Netherlands Chamber Orchestra; la Camerata Salzburg; la sinfónica de Lucerna; I Pomeriggi Musicali di Milano; Sinfonia Varsovia; Warsaw Philharmonic Orchestra; London Mozart Players;  New York City Opera y Shanghai Philharmonic; Real Filharmonia de Galicia, Bamberg Symphony  y Staatskaplle Dresden.

Entre 1999 y 2002, interpretó y dirigió los 27 Conciertos para Piano de Mozart con la Hamburger Philharmoniker.

Sebastian Knauer es invitado asiduo en los principales festivales internacionales: el Rheingau Musik Festival y el Schleswig Holstein Musik Festival; el Klavier Festival Ruhr; el Festpiele Mecklenburg-Vorpommern; el Festpiele Baden-Baden; el Beethovenfest de Bonn, el Musikfest Bremen; el Kissingen Sommer Festival; el Festival de Viena; el John Adams Festival de la BBC London Symphony Orchestra; los festivales de Bath, Colmar y Dubrovnik; el Menuhin Festival de Gstaad; el Festival Internacional de Byblos, Líbano; el de Emilia Romagna, Italia; el Lincoln Center Festival NY, Nueva York; los festivales de  Ravinia, Interlochen y Savannah en Estados Unidos; el festival musical de Santo Domingo, República Dominicana y el Shanghai Arts Festival. Debutó en el Salzburg Festspiele en  verano de 2004.

Desde que cumplió los diez años, se ha consagrado a la música de cámara; en la actualidad se presenta junto a Daniel Hope, con quien conforma dúo musical y realiza extensas giras.

Ha trabajado también con otros artistas, como Hermann Prey, Olaf Bär, Alban Gerhardt, los conjuntos Aron Quartett Vienna, Philharmonia Quartett Berlin (Berliner Philharmoniker), John Neumeier y el Hamburg Ballet y el actor Klaus Maria Brandauer.

Su primer CD está dedicado a la música de George Gershwin y fue editado por el sello GLISSANDO en 1998, en ocasión del centenario del nacimiento de dicho compositor.

El sello discográfico BERLIN CLASSICS ha editado su interpretación de las obras para piano de Schubert, Chopin, Barber-Bernstein-Copland (que, en el año 2001, la revista RONDO MAGAZINE galardonó con el Hot Tip of the Year ) , los Conciertos para Piano de W.A. Mozart y de su hijo Franz Xaver (Netherlands Chamber/Entremont) y su último CD de Mendelssohn.

Para DEUTSCHE GRAMMOPHON ha grabado las Sonatas de Beethoven, y para WARNER CLASSICS, junto a  Daniel Hope, “East meets West” (este CD ganó el premio“ECHO” de Alemania y fue nominado para el Grammy en 2005) y los Conciertos para Piano de Mozart (Camerata Salzburg/Sir R. Norrington).

Knauer es director artístico del Festival de Marsella, en el sur de Francia, creado por él mismo en 2001.