El director de orquesta Martin Haselböck cursó estudios de clavecín, órgano, composición y dirección de orquesta en Viena y en París. Después de consolidar su reputación de organista invicto, premiado en numerosos competiciones, emprendió una carrera de solista internacional. Su agenda de conciertos lo lleva a participar con asiduidad en los principales festivales musicales y a ocupar el puesto de organista solista en las más célebres orquestas sinfónicas, bajo la batuta de Claudio Abbado, Loren Maazel, Wolfgang Sawallisch y Riccardo Muti.

Con más de sesenta grabaciones de un repertorio que abarca de Bach a Liszt y a los compositores contemporáneos, Martin Haselböck ha ratificado también su fama de artista de grabación discográfica. En repetidas ocasiones, los compositores contemporáneos le han invitado a interpretar las premières de sus obras, y Ernst Krenek le ha dedicado ambos sus Organ Concerti.
En 1985, asumió el cargo de director musical de la Wiener Akademie. Desde entonces, esta orquesta de instrumentos de época ofrece periódicamente un ciclo de conciertos de música clásica en la Wiener Musikverein, y está invitada con regularidad en los principales festivales y en los "Artist in Residence" de la Kölner Philharmonie y del Würzburg Mozart Festival. Además, la orquesta toca con frecuencia ante los más distinguidos auditorios de Europa, Japón y Norteamérica. 

Sin embargo, los intereses musicales de Martin Haselböck van más allá del ámbito de la música antigua, para abarcar también el de la literatura operística. Desde su debut en el Händel-Festspielen Göttingen de 1986, ha dirigido casi todas las óperas de Mozart en Alemania, Suiza, Holanda y España. En Praga, su interpretación de Don Giovanni fue grabada en directo para el sello Novalis. El éxito obtenido en el Festival de Salzburgo de 2001 con su versión de Radamisto de Händel, lo ha llevado a presentar la obra en España, Francia, Alemania, Holanda, Israel, Rusia y Estambul.

En su papel de director de orquesta de la Wiener Akademie, Martin Haselböck ha grabado más de cuarenta CDs, con las obras de los grandes clásicos: los Conciertos de Brandemburgo y las Suites orquestales de J. S. Bach; Don Giovanni, las Misas y las Sinfonías de  Mozart; La Creación y Las Estaciones de Haydn; y todas las Misas y Sinfonías de Schubert.

Entre sus más recientes grabaciones se incluyen una serie de diez CDs titulada "Musica Imperialis" que conmemora quinientos años de Música de la Corte de Viena. Su labor de investigación en los famosos archivos Berlin Singakademie Archives de Kiev dio su fruto en 2001, con la grabación de las principales piezas de C. P. E. Bach, W. F. Bach, Graun y Benda.

Sus grabaciones han recibido numerosos premios, como el Liszt Award de 1986, el Diapason d'Or y el Deutscher Schallplattenpreis. En 1997, fue distinguido con el más alto galardón cultural del país, la Distinción Cultural de Austria otorgada por el Presidente del Estado, y en 2003 fue nombrado Doctor Honorario de Música  por el Luther College de Iowa.

Martin Haselböck sigue tocando como organista solista con regularidad. Ha dado conciertos inaugurales en los órganos de las salas de concierto de Nagoya, Heidelberg, Kobe, Atenas, Lübeck y Treviso y ha sido  jurado de las más importantes competiciones de órgano  (en París, Chartres, Dallas, Pretoria, y Calgary). 

Ostenta los cargos de Organista de la Corte de Viena y de profesor de órgano de la Universidad de Viena. Dirige también varios festivales musicales, entre los cuales el "Austria Baroque Academy". Durante la temporada 2000-2001, fue director musical de la Weiner Schauspielhaus, actuando de director de orquesta de las nuevas producciones de Acis and Galathea de Händel, La Contessina de Gassmann y  Die Feuerbrunst de Haydn.

Se siente cómodo  tanto con los instrumentos de época como con los instrumentos modernos, y recibe asiduas invitaciones a dirigir las principales orquestas de Europa: la Deutsches Sinfonieorchester de Berlín, las de Dresden, Leipzig, Zurich, Hungría (las nacionales Philharmonic Orchestras of Hungary),  Eslovaquia, Estonia, Eslovenia, Croacia, España, Praga (Prague Symphony y Prague Philharmonic), y la Royal Flanders Philharmonic de Bruselas. La larga relación que ha mantenido  con la  Wiener Symphoniker ha dado lugar a una serie de oratorios que se iniciaron en 1999. Desde el año 2000, ha sido primer director invitado de la Hamburger Symphoniker.

Desde que debutó en Norteamérica con la dirección de la Misa en Si Menor de Bach, en Seattle en el 2000, ha sido invitado en repetidas ocasiones a dirigir las orquestas de mayor renombre del país: la Pittsburgh, la St. Paul Chamber Orchestra y la San Francisco’s Philharmonia Baroque, la San Francisco Symphony Orchestra y la Philadelphia Orchestra. En el 2001, debutó en concierto con la orquesta Los Angeles Philharmonic en el Hollywood Bowl, y también con la Detroit Symphony y con la Toronto Symphony, para regresar después a la Pittsburgh Symphony.

Durante la temporada 2005-2006, fue nombrado director musical de la orquesta barroca Musica Angelica de Los Angeles. También dirigió con regularidad en los principales festivales musicales de Europa: nuevas producciones de  Il trionfo del tempo de Händel en los Festivales de Bath y de Salzburgo, una producción de Il re pastore de Mozart en el Klangbogen Festival de Viena,  así como una serie de diez funciones de Radamisto de Händel y  Il buon marito de Benda en Salamanca, Bilbao, Estambul, Tel Aviv y Ámsterdam.  En el Schwetzingen Festival, dirigió una producción de Zaide, de Mozart. En cuanto a grabaciones, se incluyen en su haber St.Matthew Passion de C.P.E. Bach, Il Re pastore de Mozart, los Organ Concerti, Op. 4 de Händel con la Wiener Akademie, dos sinfonías de Johann von Herbeck con la Hamburger Symphoniker y las Obras Completas para Órgano de Liszt con instrumentos de época en Alemania Oriental. En  la temporada 2006-07, dirigió dos nuevas producciones, en la Hamburgische Staatsoper (Alcina, de Händel) y en la Oper der Stadt Köln (Armiño, de Händel, y La Cifra, de Salieri). En el año 2007,  realizó una gira por Estados Unidos y Europa con la Matthew Passion de Bach, volvió a dirigir la Symphony Orchestra de San Francisco, y fue invitado por  la Hamburgische Staatsoper para interpretar el Radamisto de Händel.

También en 2007, fue nombrado director del Burgarena Reinsberg Festival, en el que ha dirigido las producciones de Der Freischütz (2007), Fidelio (2008) y dirigirá, en 2009, Hänsel und Gretel. Ha dirigido también una nueva producción de Belshazzar para el Festival Händel de Halle, así como una nueva producción de Idomeneo para la Opernhaus de Hanóver. Después del gran éxito que su producción de The Infernal Comedy, con John Malkovich, cosechó en  Los Angeles, volverá a ser interpretada en Viena y  en l’Opéra national de Paris. Para el Año Haydn 2009, dirigirá producciones de La Creación (en Viena, Bremen y con la Sydney Symphony Orchestra) y de Il Ritorno di Tobia (Viena, Varsovia, Núremberg), así como de Stabat Mater (en Viena, Praga, Buenos Aires, Los Angeles, Säo Paolo, Montevideo).