Estudió canto y música sacra en Karlsruhe y Dusseldorf, y firmó sus primeros contratos con la Zürich Opernhaus (1985-86) y con la Rheinoper Düsseldorf (1987-93).

Como artista invitado ha actuado en salas y festivales tan prestigiosos como el Festival de Salzburgo, el Festival Rossini  de Pesaro, el Teatro La Fenice  de Venecia, el Gran Teatre del Liceu  de Barcelona, la Opéra de Lyon, la Bayerische Staatsper de Munich, la Semperoper de Dresden y la Staatsoper Unter den Linden de Berlín. El eje de su repertorio son los grandes papeles de tenor de las obras de Mozart y de las óperas de Monteverdi, Scarlatti, Händel, Hasse y otros maestros del Barroco. Se ha labrado una excelente reputación por sus interpretaciones de la música de Mozart y Haydn, así como de la  St. Matthew Passion de Bach bajo la dirección de Nikolaus Hanoncourt, en la Wiener Musikverein. Además, como Evangelist, está muy solicitado para las Cantatas de Bach, y ha sido invitado a participar en el Ansbacher Bach Festival. La Bayerischer Rundfunk televisó la versión del Christmas Oratorio de Bach cantada por Markus Schäfer y el Windsbacher Choir, y dirigida por Karl Friedrich Beringer.

Reputado intérprete de música Lieder, ha actuado en la Schubertiade Schwarzenberg, en el Hugo-Wolf-Gesellschaft de Stuttgart y en el Lincoln Center de Nueva York (canciones de Schubert, Schumann y Wolf). La grabación del sello discográfico TELDEC de St.Matthew Passion dirigida por Harnoncourt, con  Schäfer como Evangelist, fue galardonada con un Grammy, y  el Oratorio ‘Hiob’, de Dittersdorf, dirigido por Hermann Max para el sello CPO recibió el Preis der Deutschen Schallplattenritik.

Interpreta  Don Ottavio/Don Giovanni, y Oronte/Alcina, para el Norvegian Bergen Festival, Andres/Wozzek para la Komische Oper Berlin, Alfred/Die Fledermaus, para la Netherland’s Nationale Reisoperaand,y Belmonte/Die Entfürung aus dem Serail, para Bremen.

Próximamente cantará  Evangelist con la  Münchner Philharmoniker bajo la dirección de  Franz Brüggen, con la RIAS Kammerchor, y en el Händel Festival de Halle. En el Ansbach-Festival del pasado 2005, interpretó varias Cantatas de Bach, y en la  Gewandhaus de Leipzig cantará por primera vez la adaptación mozartiana del Messiah de Handel, dirigido por Reinhard Göbel. En la Musikverein será Monsieur Vogelsang/Schauspieldirektor de Mozart, y en Styriarte, Graz, interpretará Orlando Paladino, de Haydn, y su grabación en CD, bajo la dirección de Harnoncourt en ambos casos.

La reciente edición de la Mass in B minor de Bach con la Kölner Kammerorchester y bajo la dirección de Helmut Müller-Brühl, del sello discográfico Naxos, ha sido recibida con entusiasmo por la crítica. Para el mismo sello tiene también prevista la grabación de las  Cantatas de Bach ,y una nueva versión de St.Matthew-Passion.

El CD de la obra del compositor Wolfgang Rihm Mörike-Zyklus, que le ha sido dedicada, está a punto de ser distribuido, y entre otros compromisos discográficos, se incluye una grabación  de las canciones de Siegfried Karg-Elert, con el pianista Ernst Breidenbach. El ciclo de canciones de Johann Hovens Heine Die Heimkehr, grabado en tres CDs, así como la adaptación de Schubert de Die Abendröte de Schlegel, ambas con el pianista Christian de Bruyn, nos muestra una vertiente menos conocida de su repertorio. Cabe destacar el considerable número de grabaciones a cargo de este gran artista.