Markus Brutscher nació en Landsberg, Baviera, y creció en Augsburgo. Inició su educación musical a muy temprana edad, cuando empezó a cantar en el coro de niños de la Catedral de  Augsburgo y de la Catedral de Ratisbona. Más adelante, estudió con Norma Sharp en el conservatorio de Berlín Oriental Hochschule für Musik "Hanns Eisler",  y luego en Londres, con Rudolph Piernay, coronando su formación musical en Maastricht, donde cursó estudios de voz y canto con Mya Besselink.

Cuando aún no era más que un estudiante, Markus Brutscher ya estaba considerado el tenor más solicitado del país. Ha actuado en las principales capitales musicales de Europa, Asia y Estados Unidos de América. Es un invitado estable en todos los festivales musicales que gozan de prestigio internacional, como el  de Berlín, Leipzig, Halle, Ansbach, Salzburgo, Boston, Toronto, Rio de Janeiro, Japón e Israel. Recientemente, ha sido invitado a cantar con la Wiener Akademie en el Osterklang-Festival de Viena, además de ser intérprete invitado en la celebración de la designación de Capital Europea de la Cultura de la ciudad de Salamanca. También ha actuado con la Gürzenich-Orchester Köln en el Kölner Philharmonie y en el Théâtre des Champs Elysees de París.

Trabaja asiduamente con las orquestas más destacadas de Europa y de América, bajo la batuta de maestros tan insignes como Andrew Parrot, Frieder Bernius, Robert King, Peter Neumann, René Jacobs, Michael Schneider, Gary Bertini, Hermann Max, Helmuth Rilling, Martin Haselböck y Helmut Müller-Brühl, entre otros. Aunque es famoso como especialista en música antigua, ha logrado elaborar un repertorio que combina todos los estilos y tipos de música, desde el Barroco antiguo hasta piezas de música contemporánea, además de desarrollar un repertorio operístico cada vez más dilatado.

A lo largo de los últimos años, ha cantado en producciones de ópera bajo la dirección de Christoph Spering, Wolfgang Katschner y Michael Schneider en la Schlosstheater Sanssouci y en el Hans-Otto-Theater de Potsdam, así como en diversos festivales. Su última actuación como artista invitado ha sido la interpretación del papel de Adastro de la Antigona de Traetta, bajo la dirección de Paul Dombrecht, en Bruges, Antwerp, Salamanca y Bruselas. Coronó con gran éxito la temporada de conciertos de 2002/2003 en Antwerp y en Bruselas, interpretando la parte de Alessandro en Il re pastore, de Mozart, con el  Ensemble Transparant, además de que le fuera asignado el papel de Kreonte en Antigona, de Traetta, para el Stadttheater Gießen. En septiembre de 2003, fue Monostatos en Die Zauberflöte, de Mozart, bajo la dirección de Marc Minkowski, en la espectacular actuación de La Fura dels Baus que tuvo lugar en ocasión de la RuhrTriennale. Su programa de la temporada de conciertos de 2003/2004 incluía la interpretación del papel de Eisenstein en Die Fledermaus, de Johann Strauß, en el Stadttheater Gießen, así como el de Kudrias en Katja Kabanova, de Janáček, en el Stadttheater Bielefeld.

En el 2005, actuó en el Teatro Real de Madrid interpretando la parte de Monostatos en Die Zauberflöte, parte que volvió a interpretar en el teatro de la Staatsoper de Stuttgart y en Basilea, donde también interpretó Aufstieg und Fall der Stadt Mahagonny, ópera de Weill con libreto de Brecht; en Japón cantó el Messiah con la Orquesta Sinfónica de Tokio.

La crítica musical se muestra unánime en aclamar el don musical de Markus Brutscher, tanto por su extraordinario timbre de voz como por su técnica vocal y su abrumadora maestría estilística en todas las lenguas. También es famoso a nivel internacional por el infalible compromiso que ha adoptado respecto a la música contemporánea. Sus más de 50 grabaciones para Sony Classic, EMI, Capriccio y Thorofon son buena muestra de su versatilidad como cantante.

Aparte de su carrera como cantante, Markus Brutscher está componiendo una misa sinfónica.